Les Dossiers secrets sont généralement considérés comme les archives du Prieuré de Sion. Plus précisément, ces Dossiers secrets, qui datent de 1967, sont constitués d'une série de textes prétendument rédigés par un homme du nom d'Henri Lobineau et rassemblés par Philippe Toscan du Plantier. Ils comportent aussi des coupures de journaux, diverses lettres, des arbres généalogiques, et un tableau datant de 1956 qui relate les débuts de l'histoire du Prieuré de Sion accompagné de la liste des grands maîtres. La collection a été déposée à la Bibliothèque nationale de France. Les Dossiers secrets sont arrivés au grand jour par l'intermédiaire d'un don volontaire et anonyme, effectué par quelqu'un qui appartenait à l'organisation depuis 1956. D'abord, les Dossiers désignaient Henri Lobineau comme le pseudonyme d'un certain Leo Schidlof, qui se serait inspiré du nom d'une rue située à proximité de l'église Saint-Sulpice pour se forger une identité. Après une rencontre entre les auteurs de L'Enigme sacrée et la dernière fille de Schidlof, qui a formellement nié le fait que son père ait appartenu à une société secrète, un autre communiqué fut rendu public, affirmant que Henri Lobineau était le pseudonyme d'un aristocrate nommé Henri de Lénoncourt.
Les Dossiers secrets sont truffés d'indices prometteurs à propos du Prieuré de Sion. L'élément le plus singulier est sans doute la page intitulée « Planche Numéro 4 », qui récapitule l'histoire et la structure de l'ordre. En plus de la liste des grands maîtres, ce document révèle l'existence de vingt-sept commanderies et d'une « arche », appelée « Beth-Ania », qui dirigeait probablement les commanderies. Cette arche était localisée à Rennes-le-Château, et les plus importantes commanderies se trouvaient à Bourges, Gisors, Jarnac, au mont Saint-Michel, à Montrevel et à Paris.
Les généalogies qui figurent dans les Dossiers secrets détaillent les lignages des familles censées appartenir à la « sainte lignée ». En d'autres termes, les familles présentées comme les descendantes de l'union supposée entre Jésus et Marie-Madeleine, les Saint-Clair, les Blanchefort (donnateur à l'abbé Saunière de Rennes-Le-Château), les rois mérovingiens et la maison Plantard. On trouve aussi dans cet ensemble de documents les généalogies des rois de Jérusalem et de Godefroi de Bouillon, qui, en 1090 [NDLR : 1099], fonda l'ordre de Sion original en Terre sainte.
